Wiley–Schnellkurs Bioinformatik für Anwender

<p>Vorwort von Michael B&ouml;lker 13</p>
<p>Vorwort von Diethard Tautz 15</p>
<p>Vorwort des Autors 17</p>
<p>1 Einleitung 19</p>
<p>1.1 Was Sie &uuml;ber Bioinformatik wissen sollten 19</p>
<p>1.2 Meine Leser 27</p>
<p>1.3 Notwendiges Vorwissen 28</p>
<p>1.4 Ziel des Buches 29</p>
<p>1.5 README 34</p>
<p>1.6 Was bedeutet was 35</p>
<p>I Vorbereiten</p>
<p>2 Lebenswissenschaften und Daten 37</p>
<p>2.1 Sequenzdaten 38</p>
<p>2.2 Strukturdaten 42</p>
<p>2.3 Andere Daten 42</p>
<p>3 Daten und Linux 43</p>
<p>3.1 Wer oder was ist Linux? 43</p>
<p>3.2 Installation einer virtuellen Maschine 44</p>
<p>3.3 Die Bash–Kommandozeile 50</p>
<p>3.4 Heimarbeit = Fernverbindung 57</p>
<p>3.5 Textdateien editieren 60</p>
<p>3.6 Textdateien anzeigen und analysieren 65</p>
<p>3.7 Regul&auml;re Ausdr&uuml;cke 68</p>
<p>3.8 Datenstr&ouml;me mit Sed bearbeiten 70</p>
<p>3.9 Spielen mit Daten 72</p>
<p>3.10 Software/Pakete verwalten 72</p>
<p>3.11 &Uuml;bersicht der Bash–Befehle 74</p>
<p>4 Programmierung 77</p>
<p>4.1 Was wollen wir erreichen? 77</p>
<p>4.2 Schnellstart mit AWK 77</p>
<p>4.3 Wie geht es weiter? 92</p>
<p>II Arbeiten</p>
<p>5 Forensische Mikrobiologie Was ist so schlimm an EHEC? 95</p>
<p>5.1 Hintergrund 95</p>
<p>5.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 96</p>
<p>5.3 Vorgehen 97</p>
<p>6 RNASeq und Biogas Identifikation Biogas–produzierender Bakterien 103</p>
<p>6.1 Hintergrund 103</p>
<p>6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 104</p>
<p>6.3 Vorgehen 108</p>
<p>7 Vom Gen zum Methan Expressionsdaten auf Stoffwechselkarten projizieren 117</p>
<p>7.1 Hintergrund 117</p>
<p>7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118</p>
<p>7.3 Vorgehen 119</p>
<p>8 Bio(t)error Gef&auml;hrliche Mutationen des H1N1–Schweinegrippevirus 127</p>
<p>8.1 Hintergrund 127</p>
<p>8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129</p>
<p>8.3 Vorgehen 136</p>
<p>9 Ebola Detektion von Variation durch Resequenzierung 145</p>
<p>9.1 Hintergrund 145</p>
<p>9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 147</p>
<p>9.3 Vorgehen 154</p>
<p>III Ver&ouml;ffentlichen</p>
<p>10 Daten in die Datenbank 165</p>
<p>10.1 Warum nicht Excel? 165</p>
<p>10.2 MySQL und MariaDB 166</p>
<p>11 Daten beschreiben &amp; darstellen mit R 187</p>
<p>11.1 Installation von R und RStudio 187</p>
<p>11.2 Erste Rechen&uuml;bungen 189</p>
<p>11.3 Mit Graphiken interagieren 194</p>
<p>11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195</p>
<p>11.5 Daten aus und in Dateien laden 196</p>
<p>11.6 Daten aus MySQL importieren 199</p>
<p>11.7 &Uuml;bersicht &uuml;ber die Daten gewinnen 201</p>
<p>11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205</p>
<p>11.9 Statistik 209</p>
<p>11.10 R in der Bash 213</p>
<p>11.11 Regression 213</p>
<p>11.12 Pakete installieren 217</p>
<p>11.13 Zusammenfassung der R–Befehle 218</p>
<p>12 Es allen zeigen 221</p>
<p>12.1 Texte mit LATEX erstellen 221</p>
<p>12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225</p>
<p>IV Antworten und Literatur</p>
<p>13 Antworten 243</p>
<p>Literaturverzeichnis 247</p>
<p>Index 251</p>
<p>Whitespace 255</p>